Trước khi Mật giáo được truyền vào Tây Tạng, dân chúng nơi này chưa có một tôn giáo nào đậm nét. Lúc đó, vùng đất chỉ có đạo Bon là đạo giáo cổ truyền của dân bản xứ. Thời đó,người ta chỉ biết thờ cúng chư thần kể cả hung thần, ác quỷ. Pháp môn Mật tông này truyền vào Tây Tạng muộn hơn Trung Quốc, vào khoảng cuối thế kỷ thứ 8, vua Tisongdetsen (740-786) có thỉnh rước 2 vị cao tăng Ấn Độ là Đại Sư Liên Hoa Sinh (Padma-Jungne) và Antarakshita. Tại đây Kim cương thừa đã hòa nhập với Phật giáo Đại thừa sẵn có của Tây Tạng và được gọi là Lạt Ma giáo.

Tây Tạng có 4 tông phái Mật Tông chính là:

• Phái Cổ Mật hay Cựu phái (Nyingmapa, Ninh mã phái) do Đại Sư Liên Hoa Sinh (Padma-Jungne) sáng lập vào năm 749. Ngài là giáo sư danh tiếng ở viện đại học Nalanda Phật giáo.
• Phái Kagyu (Ca-nhĩ-cư phái)
• Phái Sakya (Tát-ca phái)
• Phái Hoàng Mạo (Guelugpa, Cách-lỗ phái) do ngài Tsongkhapa, quê ở miền bắc Tây Tạng lập ra vào thế kỷ 14. Lúc đó,Phật giáo bị mê mờ vì nhiều tín điều sai lầm và huyễn hoặc. Sư đã dùng tư tưởng cao sáng khuyên nhủ người tu hành nên tinh tiến tu, tham thiền hỏi đạo, trai giới đạo hạnh. Cuộc cải cách tôn giáo của ngài có hiệu quả vững bền. Về sau, phái của Sư đổi tên là Lạt-ma-giáo và trở thành người đứng đầu nhà nước Tây Tạng do Đức Đạt-lai Lạt-ma nắm giữ quyền cai trị dân chúng và trông nom mối đạo.

Ở Tây Tạng, đệ tử chỉ được thu nhận vào Mật tông thông qua một nghi lễ khai ngộ (initiation) đặc biệt được tiến hành bởi một lạt-ma có tên tuổi. Mật tông cũng chủ trương sự tự giác ngộ thông qua việc thiền định (meditation) và niệm chân ngôn (mantra). Dòng truyền thừa vào Tây Tạng xuất phát từ trung tâm Phật học Vikramasila.